История Ханты-мансийской больницы началась в 1932 году с формирования Остяко-Вогульской амбулатории и строительства стационара. Первое время учреждение занимало два здания и имело 35 коек для хирургических и терапевтических больных, рожениц и пациентов тифозного барака.

С 1950-х началось развитие специализированной медпомощи, и уже к 1957 году коечный фонд вырос до 250 мест. В 1970-1980 годах из состава больницы выделились и сформировались такие окружные учреждения здравоохранения как стоматологическая поликлиника, психонаркологический диспансер и санаторно-реабилитационный центр.

В начале 1990-х окружная больница располагалась в 33 ветхих зданиях, раскиданных по всему городу. В 1995 году было начато строительство нового больничного комплекса.